El cerro de La Magdalena dispone de una densa cubierta arbórea de pinar bajo el cual aparece un sotobosque formado por matorral mediterráneo termófilo. Los terrenos donde se sitúa el Paraje Natural Municipal Ermitorio de La Magdalena son antiguos bancales de cultivo dispuestos concéntricamente alrededor de la ermita y el castillo, que han sido recolonizados por la vegetación silvestre, de lo que da testimonio el hecho de que aún permanecen algunos ejemplares de olivos y algarrobos.

Al norte del cerro hay una ladera con orientación de solana desprovista de arbolado y con escasa cubierta vegetal debido a la abundancia de rocosas. El pino carrasco (Pinus halepensis) es la especie dominante en la zona arbolada. En el resto abundan especies termófilas propias de matorral sobre terreno calcáreo: coscoja (Quercus coccifera), palmito (Chamaerops humilis), lentisco (Pistacea lentiscus), romero (Rosmarinus officinalis), etc.

La influencia antrópica en la zona es muy marcada y se traduce en la presencia de especies derivadas de la agricultura tradicional y de especies introducidas por su carácter ornamental o por haber tenido algún  posible  aprovechamiento,  como  la   pitera   (Agave americana)   o la  chumbera   (Opuntia ficus-indica), ambas de origen exótico.